Какова точность НИПТ: результаты, ошибки и определение пола

Что означает точность НИПТ

В рекламных материалах точность НИПТ часто описывают одной цифрой, однако в медицинской статистике используют несколько разных показателей. Они отвечают на разные вопросы и не должны подменять друг друга.

Для пациентки особенно важна положительная прогностическая ценность, или PPV: вероятность того, что после ответа «высокий риск» исследуемое состояние действительно есть. PPV зависит не только от аналитических характеристик теста, но и от исходной распространённости состояния в конкретной группе. Поэтому одинаковый лабораторный алгоритм может иметь разную прогностическую ценность для разных трисомий и пациенток.

Отрицательная прогностическая ценность показывает, насколько вероятно отсутствие исследуемого состояния после результата «низкий риск». Для частых трисомий она обычно очень высока, но не равна 100%.

Точность НИПТ по трисомиям 21, 18 и 13

Наиболее убедительная доказательная база накоплена для трёх частых аутосомных анеуплоидий: трисомии 21, связанной с синдромом Дауна, трисомии 18 — синдромом Эдвардса, и трисомии 13 — синдромом Патау. Американская коллегия медицинской генетики и геномики (ACMG) обобщила исследования НИПТ в общей популяции беременных.

Это объединённые показатели из исследований разных платформ и популяций, а не паспортные характеристики любой панели НИПТ. Индивидуальная PPV может быть выше или ниже в зависимости от возраста, срока беременности, ультразвуковых признаков и других факторов.

Для аномалий половых хромосом, микроделеций, редких аутосомных трисомий и моногенных заболеваний показатели отличаются от данных по трисомиям 21, 18 и 13. Чем реже состояние и меньше объём валидирующих исследований, тем осторожнее следует интерпретировать результат.

Почему «точность 99%» не означает вероятность 99%

Чувствительность — характеристика теста в группе

Если чувствительность для трисомии 21 составляет около 98,8%, это означает, что из 100 беременностей, где трисомия действительно есть, скрининг в среднем выявит примерно 99. Этот показатель не говорит напрямую, насколько вероятен диагноз у конкретной пациентки после положительного результата.

PPV — вероятность подтверждения высокого риска

Положительная прогностическая ценность учитывает, насколько часто исследуемое состояние встречается в исходной группе. Поэтому PPV для трисомии 21 обычно выше, чем для более редкой трисомии 13, даже если ложноположительная частота у теста очень низкая.

Персональная интерпретация

В бланке может быть указан индивидуальный риск, категория «высокий/низкий риск» или расчётная PPV. Оценивать ответ нужно вместе с врачом, учитывая ультразвуковые маркеры, срок беременности, возраст, тип беременности и ограничения конкретной панели.

Точность НИПТ при определении пола

НИПТ и определение пола основаны на поиске последовательностей Y-хромосомы в плазме крови беременной. Их обнаружение обычно соответствует хромосомному набору XY, отсутствие — XX. В исследовании валидированной платформы VERACITY хромосомный пол был правильно определён во всех информативных образцах; доверительный интервал составил 99,4–100%.

На практике точность НИПТ определения пола обычно превышает 99%, если исследование выполнено на допустимом сроке, доля плацентарной ДНК достаточна и лаборатории верно передана информация о беременности. Но 100-процентной гарантии нет.

При двойне обнаружение Y-хромосомы может означать, что хотя бы один плод имеет набор XY, но не всегда позволяет определить пол каждого плода отдельно. Возможности зависят от используемой технологии и типа многоплодной беременности.

Точность VERACITY: что показала клиническая валидация

VERACITY — таргетный НИПТ: из плазмы крови беременной выделяют внеклеточную ДНК, обогащают выбранные участки хромосом и анализируют их методом секвенирования нового поколения. Высокая глубина чтения в целевых регионах, отдельное измерение фетальной фракции и несколько биоинформатических алгоритмов помогают уменьшить влияние статистического шума. Эти особенности повышают надёжность анализа, но не отменяют биологические причины ложных результатов.

Результаты исследования в реальной клинической практике

В опубликованной в 2019 году оценке VERACITY проанализировали результаты 10 564 беременностей. Для образцов без выявленной анеуплоидии специфичность по аутосомным трисомиям составила 99,98%, а отрицательная прогностическая ценность — 100% в рамках полученного наблюдения. Среди результатов высокого риска, для которых было доступно подтверждение, все истинные случаи трисомий 21, 18 и 13 были выявлены, однако число подтверждённых случаев для трисомий 18 и 13 было небольшим.

На первый взгляд может показаться противоречивым, что для трисомии 13 чувствительность составила 100%, а PPV — 71%. Эти показатели отвечают на разные вопросы: чувствительность показывает, были ли найдены беременности с подтверждённой трисомией, а PPV — какая доля всех результатов «высокий риск» действительно подтвердилась. В исследовании истинные случаи трисомии 13 были обнаружены, но два положительных результата из семи оказались ложноположительными.

Анеуплоидии половых хромосом и двойня

Для отрицательных результатов по анеуплоидиям половых хромосом в клинической выборке специфичность составила 99,95%, отрицательная прогностическая ценность — 100%. При этом для моносомии X положительная прогностическая ценность была существенно ниже — 57%: подтвердились 4 из 7 результатов высокого риска. Для других анеуплоидий X и Y подтверждённых случаев было слишком мало, чтобы получить устойчивые отдельные показатели.

В отдельной валидационной выборке двойни VERACITY правильно классифицировал три случая трисомии 21, один случай трисомии 18 и один случай трисомии 13. Формально чувствительность и специфичность в этой небольшой выборке составили 100%, но пять затронутых беременностей — недостаточное основание обещать безошибочный результат при любой двойне.

Точность VERAgene: три разных компонента

VERAgene объединяет несколько разных видов скрининга. Помимо частых анеуплоидий и выбранных микроделеций, тест анализирует более 2 000 конкретных вариантов в 99 генах, связанных со 100 аутосомно-рецессивными и X-сцепленными моногенными заболеваниями. Для моногенного блока исследуют кровь беременной и буккальный эпителий биологического отца.

Широкий состав панели не означает, что все включённые состояния выявляются с одной и той же чувствительностью и одинаковой PPV. Корректнее оценивать три компонента VERAgene отдельно.

Что означает показатель «99,9%» в технических материалах

В описании технологии VERAgene встречается показатель точности чтения 99,9% при критерии качества секвенирования выше Q30. Это характеристика правильности определения отдельных нуклеотидов секвенатором, а не вероятность того, что плод не имеет ни одного из 115 оцениваемых состояний. Клиническая точность всей панели зависит от типа изменения, распространённости заболевания, охвата конкретного варианта и биологических ограничений НИПТ.

Почему отрицательный результат не исключает заболевание полностью

Моногенный блок является таргетным: он ищет только варианты из утверждённого перечня. Например, если заболевание может быть вызвано сотнями разных вариантов в одном гене, а панель включает лишь часть из них, низкий риск относится к исследованным вариантам, а не ко всему гену. Аналогично, для микроделеций тест валидирован на определённые регионы и может не выявить меньшую или нетипичную делецию.

Согласно техническому описанию теста, VERAgene не предназначен для оценки мозаицизма, триплоидии, частичных трисомий и сбалансированных транслокаций. Остаточная ДНК исчезнувшего близнеца, хромосомные особенности матери и плацентарный мозаицизм также могут повлиять на результат.

VERACITY или VERAgene: что точнее

Сравнивать эти тесты одной цифрой некорректно. VERACITY решает более узкую задачу и имеет опубликованные клинические показатели для частых анеуплоидий. VERAgene расширяет скрининг на выбранные моногенные варианты, но для этой части панели точность определяется охватом конкретных вариантов и не может быть приравнена к показателям трисомии 21. Выбор зависит не от максимального числа заболеваний, а от клинической задачи, семейного анамнеза и готовности подтверждать положительную находку диагностическим методом.

Почему возможен ложноположительный результат НИПТ

Ложноположительным называют результат высокого риска, который не подтверждается при исследовании клеток плода. Это возможно потому, что основная часть анализируемой «фетальной» внеклеточной ДНК поступает из плаценты, а генетический набор плаценты иногда отличается от набора плода.

Поэтому международные профессиональные общества не рекомендуют принимать необратимые решения только на основании НИПТ. Высокий риск подтверждают цитогенетическим или молекулярным исследованием материала, полученного при биопсии ворсин хориона или амниоцентезе.

Почему возможен ложноотрицательный результат НИПТ

Ложноотрицательный результат означает, что скрининг показал низкий риск, хотя у плода есть исследуемое нарушение. Такие ситуации редки, но возможны.

Низкий риск не отменяет плановые УЗИ. Если при ультразвуковом исследовании выявлены пороки развития или выраженные маркеры хромосомной патологии, диагностическая тактика определяется клиническими данными, даже если НИПТ был низкого риска.

Неинформативный результат и низкая фетальная фракция

Фетальная фракция — доля внеклеточной ДНК плацентарного происхождения среди всей внеклеточной ДНК в образце. Для каждого метода лаборатория устанавливает собственный минимальный порог, ниже которого надёжная классификация может быть невозможна.

Неинформативный ответ, или no-call, может быть связан с ранним сроком, особенностями плаценты, массой тела беременной, некоторыми заболеваниями и лекарственными воздействиями, многоплодной беременностью, нарушением транспортировки образца или техническими критериями контроля качества.

Когда важнее не откладывать диагностику

При ультразвуковых аномалиях, высоком исходном риске, повторном no-call или ограниченном сроке для принятия решений врач может рекомендовать генетическое консультирование и инвазивную диагностику вместо новой попытки скрининга.

Двойня, ЭКО и исчезающий близнец: как меняется точность

Беременность двойней

Современные рекомендации допускают НИПТ для оценки риска трисомий 21, 18 и 13 при двойне. Однако объём доступных показателей зависит от зиготности, хориальности и технологии. Для аномалий половых хромосом и определения пола каждого плода доказательность и возможности более ограничены, чем при одноплодной беременности.

Беременность после ЭКО

Само по себе экстракорпоральное оплодотворение не делает НИПТ недостоверным. Лаборатории важно знать о донорских яйцеклетках, переносе нескольких эмбрионов, преимплантационном генетическом тестировании и ранней гибели одного эмбриона. Даже после ПГТ НИПТ остаётся скринингом, а не подтверждением хромосомного набора плода.

Исчезающий близнец

После остановки развития одного эмбриона его плацентарная ДНК может сохраняться в кровотоке беременной и давать ложный сигнал высокого риска либо влиять на определение пола. Однако в PROGEN в случае исчезающего близнеца тест возможен через 4 недели после редукции плода.

НИПТ, скрининг I триместра и инвазивная диагностика

НИПТ не заменяет УЗИ: даже расширенная генетическая панель не выявляет большинство структурных пороков развития. И наоборот, нормальное УЗИ не исключает все хромосомные нарушения. Методы дополняют друг друга.

Как повысить надёжность результата: чек-лист

Что делать после результата НИПТ

НИПТ и консультация генетика в PROGEN

В PROGEN доступны панели НИПТ VERACITY для одноплодной и многоплодной беременности, а также расширенный VERAgene, который сочетает хромосомный скрининг с оценкой выбранных моногенных вариантов. VERACITY выполняется по венозной крови беременной; для моногенного блока VERAgene дополнительно нужен образец буккального эпителия биологического отца.

Выбирать панель только по числу заболеваний неправильно. Для частых трисомий доказательная база наиболее устойчива, тогда как для анеуплоидий половых хромосом, микроделеций и отдельных моногенных вариантов прогностическая ценность отличается. Врач-генетик помогает определить, какой объём скрининга соответствует анамнезу и как будет подтверждаться возможный результат высокого риска.

Ответы на частые вопросы о точности НИПТ

Источники